«پارک‌های ملی خجیر و سرخه‌حصار» که بخشی از منطقه حفاظت شده جاجرود محسوب می‌شوند،  به دلیل نزدیکی به پایتخت نسبت به دیگر مناطق حفاظت شده و پارک‌های ملی زیر مجموعه سازمان حفاظت محیط زیست با مشکلات بیشتری دست و پنجه نرم می‌کنند. حضور گردشگران، کوهنوردان و مردم و در کنار آن‌ها بعضا قاچاقچیانِ حیات وحش و حتی سگ‌های ولگرد باعث شده تا حیات وحش در این دو منطقه کمتر در امان باشند. نبود حصار، نبود تجهیزات کافی و مناسب و مشخص نبودنِ دقیقِ حریمِ این پارک‌های ملی و کمبودِ محیط بانان در این مناطق باعث بروز بخش زیادی از این مشکلات در پارک‌های ملی محیط زیست در پایتخت شده است.