تقریبا یکصد و سی سال پس ازحمله اعراب به اصفهان، ایوب بن زیاد حاکم عرب اصفهان در دهکده ای به نام خوشینان که در کنار نهر فرسان قرار داشت، قصر و بازار و مسجدی بنا کرد. مسجدی که گفته می شود اولین مسجد اسلامی در این منطقه بوده. منطقه ای که بعدا به نام اصفهان شناخته شد. شاید امامزاده اسماعیل و محدوده تاریخی آن بازماندگانی از همین مسجد باستانی باشند. دهکده خوشینان که احتمالا در مکان کنونی خیابان هاتف بوده، در آن روزگار بین دو شهرک عمده اصفهان قرار داشت. یکی شهرک جی با مرکزیت شهرستان (محدوده کنونی پل شهرستان) که عموما زرتشتی نشین بودندو دیگری شهرک یهودیه (محله جوباره کنونی) که یهودیان دوران تبعید بخت النصر یا زمان آشوریان یا در عصر یزدگرد اول ساسانی به اینجا آمده بودند. با استقرار اعراب در خوشینان، مرکزیت شهر اصفهان به مرور به ابن نقطه منتقل می شود. اما با گسترش یهودیه و تلفیق آن با اردوگاه اعراب، شهرستان از رونق می افتد و این لحظه تولد شهر اصفهان امروزی است. تولدی که می توانیم ردپای آن را در محدوده تاریخی امامزاده اسماعیل، مقبره شعیا نبی و محله باستانی خوشینان پیگیری کنیم. بخش هایی از بنای فعلی امامزاده متعلق به دوران سلجوقی و بخش های دیگر مربوط به دوران صفوی است که آن را میتوان از کتیبه ها و سنگ نوشته روی قبرها و تزیینات بنا دریافت کرد. گنبد مزین شده به کاشی معرق این بنا که در دوران صفویه صورت گرفته است و اکنون به نظر می رسد که کاشی های آن درحال فروریختن هستند  با گذشت زمان و همچنین شرایط جوی پیش رو در فصل جاری، شرایط بدتری پیدا خواهند کرد.