در وسط صحن مسجد جامع‌ عتیق «چهار طاقی خدایخانه» از گچ و سنگ ساخته شده که نزدیک به یک متر از سطح زمین بلندتر است و اطراف آن ایوانی به عرض دو متر است. این بنا که در سال ۷۵۲ قمری به دستور شاه شیخ ابواسحاق اینجو حاکم فارس ساخته شده و دارالمصحف، بیت المصحف یا خداخانه خوانده می‌شود. عنوان این بنا بدان جهت است که در این مکان علاوه بر قرآن‌هایی تاریخی که به خط امیرالمؤمنین علی (ع)، امام حسن (ع)، امام صادق (ع) و چند تن از صحابه پیامبر و تابعین نگهداری می‌شده، بلکه محل تلاوت قرآن نیز بوده است.همچنین در این مکان، قرآنی به خط عثمان خلیفه سوم وجود داشته که چندین قطره خون وی، به هنگام قتلش روی آن ریخته است و به همین جهت برخی این مکان را قبر عثمان یا دفتر عثمان نیز خوانده‌اند. این بنای مکعب شکل در مرکز شیراز، شرق حرم حضرت شاهچراغ(ع)، مسجدی تاریخی به نام مسجد عتیق قرار دارد که زمانی محور تمام فعالیت‌های فرهنگی، مذهبی و اجتماعی بوده است.