مسجد سید اصفهان، بزرگ‌ترین مسجد قاجاری این شهر، به دستور آیت‌الله سیدمحمدباقر شفتی‌رشتی در محله بیدآباد ساخته شد. روایت‌ها آغاز ساخت آن را میان سال‌های ۱۱۸۰ تا ۱۲۴۵ هجری قمری دانسته‌اند؛ زمینی که پیش‌تر به همت اعتمادالدوله وزیر شاه سلطان حسین برای مسجد خریداری شده بود، اما در هجوم افغان‌ها بی‌سرانجام ماند. شفتی با قطع درختان بید و فروش آن‌ها هزینه اولیه ساخت را فراهم کرد و بنایی عظیم در زمینی به وسعت ۸۰۷۵ مترمربع پدید آورد. این مسجد نیمه‌تمام، با دو شبستان وسیع، یک گنبد، سه ایوان، دو چهلستون، مهتابی‌ها، چهار ورودی و ۴۵ حجره برای طلاب، جلوه‌ای شاخص از معماری مذهبی عصر قاجار است. اگرچه تنها بخشی از کاشی‌کاری‌ها در زمان بانی به پایان رسید و تکمیل تدریجی آن به دست فرزند و نوادگانش ادامه یافت. بر اساس کتیبه‌ها، روند ساخت و تزئینات مسجد سید نزدیک به ۱۳۰ سال به طول انجامید. چهار وقف‌نامه میان سال‌های ۱۲۶۲ تا ۱۲۷۳ قمری، تمامی فضاهای مسجد را به امور خاص اختصاص داد و مقبره شفتی و فرزندانش نیز در آن جای گرفت. روایت مشهور دیگری از همان دوران نقل می‌شود که فتحعلی‌شاه خواستار مشارکت در ساخت مسجد شد، اما شفتی پاسخ داد: «من دست در خزاین الهی دارم.»، همین جایگاه و اعتبار باعث شد این مسجد به نام بانی خود یعنی «مسجد سید» شهرت یابد. اما در پیچ و خم مشکلات عدیده زیست محیطی نصف جهان، امروز این یادگار قاجاری و میراث مهم فرهنگی با خطری جدی مواجه است. فرونشست زمین که از آن با نام زلزله خاموش اصفهان یاد می‌شود ترک‌هایی عمیق بر پیکر گنبد، طاق‌ها و ایوان‌های مسجد نشانده‌ که نگرانی‌های بسیاری در پی داشته است. کارشناسان هشدار داده‌اند که بی تفاوتی به این پدیده و تداوم تحمیل این فشار به پیکر بنا، می‌تواند این میراث ارزشمند و بخشی از هویت تاریخی و فرهنگی اصفهان را برای همیشه نابود کند.