طبق اطلاعات موجود در اسناد و کتب تاریخی، یکی از محلات دوره صفویه به نام «چهارسوق علی‌قلی‌آقا» معروف بوده است. در این محله مجموعه بناهایی موقوفی شامل مسجد، سقاخانه، حمام، بازارچه و کاروانسروا به دست یکی از رجال اواخر دوره صفویه به نام «علی‌قلی‌آقا» ایجاد شده است که درآمد حاصل از اجاره مغازه‌های آن و ... برای حفظ و تعمیر مسجد هزینه می‌شده است. براساس این مستندات در دوره صفویه محلات جدیدی به شهر افزوده شد که به سه دسته تقسیم می شدند؛ دسته اول محلاتی که در مکان‌های جدید ایجاد شده بودند، دسته دوم محلاتی که در مکان محلات قدیمی بودند، اما نام جدیدی پیدا کردند که محله «علی‌قلی‌آقا» از این دسته محلات است و دسته سوم نیز محلاتی که قبل از دوران صفویه بیرون حصار شهر قرار داشتند. محله «علی‌قلی‌آقا» بخشی از محله بزرگتری به نام «بیدآباده» بوده است که در حال حاضر در قالب محله‌ای مجزا شناخته می‌شود.

در حال حاضر این محله طبق تقسیم بندی محلات شهری در منطقه یک اصفهان واقع شده که از شمال به خیابان جامی، از شرق به خیابان چهارباغ پایین، از جنوب به خیابان مسجد سید و از غرب به خیابان پنج رمضان محدود می‌شود.