کویر خارا در ۱۰۰ کلیومتری شرق اصفهان و ۱۵۰ کیلومتری غرب یزد در استان اصفهان قرار دارد. این کویر از شرق به تالاب گاوخونی، از شمال به شهرستان ورزنه و زاینده رود، از جنوب به حسن آباد و از غرب به محور ارتباطی حسن آباد به ورزنه محدود میشود. این منطقه پوشیده از ریگزار (تپههای ماسهای یا رمل) است که گسترهای شمالی جنوبی دارد. طول آن از حاشیه زاینده رود و نقطه آغاز ریگزار تا انتهای آن واقع در جنوب غربی تالاب گاوخونی در حدود ۴۵ کیلومتر و عرض آن در نواحی شمالی در حدود ۳۵ کیلومتر است که این عرض در جهت جنوبی کاهش مییابد. در نواحی جنوبی این عرض به ۵۰۰ متر میرسد و در قسمت شمالی بیابان شکلی شبیه به بیضی دارد که محیط این بیضی توسط تپههای ماسهای بلند احاطه شده و در داخل بیضی ارتفاع تپهها به شدت کاهش مییابد. بلندترین ارتفاع تپههای ماسهای در حدود ۱۰۰ متر است که در قسمت شمال شرقی این بیضی قرار دارد. ارتفاع متوسط ریگزار از سطح آبهای آزاد در حدود ۱۴۵۰ متر است. کویر در قسمت جنوبی به ۲ دیواره ماسهای جنوبی شمالی تبدیل میشود و مابین این ۲ دیواره خاکهای آهکی قلیایی قرار دارند. این دو دیواره در نزدیکی جنوب غربی تالاب گاوخونی به هم میپیوندند و تشکیل دیواره واحدی با جهتی شمالی جنوبی را میدهند. این تک دیواره ماشهای در حدود ۹ کیلومتر تا نزدیکی جنوب تالاب گاوخونی ادامه پیدا میکند پایان مییابد. در این منطقه با توجه به وزش بادهای متفاوت، اشکال مختلف تپههای ماسهای از جمله تپههای ماسهای طولی، تپههای ماسهای هلالی و هرم های ماسهای قابل مشاهده هستند که در نوع خود در کشور کم نظیر است. وسعت ریگزار در حدود ۱۷۰۰۰ هکتار است.
