به گزارش ایسنا، حج ۱۴۰۳ با اعزام نخستین کاروانها از ۲۴ اردیبهشت ماه آغاز شد. گفته شده بود قرار است با مجوز عربستان، پروازهای حج توسط دو شرکت هواپیمایی ایران (هما و معراج) انجام شود، اما تا پایان حج، جابهجایی زائران فقط توسط یک شرکت هواپیمایی (هما) انجام شد.
استفاده از یک شرکت هواپیمایی برای انتقال ۸۷ هزار و ۶۵۰ زائر در ۶۲ روز، تاخیرها را گاه به هفت ساعت رساند و در برنامه انتقال و بازگشت زائران، جابهجاییها را ایجاد کرد، چنانکه در ابتدا گفته شده بود زائران تا ۱۸ تیرماه به ایران بازمیگردند، اما انتقال آنها تا بامداد ۲۴ تیرماه طول کشید. با این حال، مدیرعامل هواپیمایی جمهوری اسلامی ایران، در پایان عملیات پروازها حج، آن را در رسته آرامترین و منظمترین عملیاتهای پروازی حج تمتع قرار داد و درباره تأخیرها نیز گفت: «میانگین تأخیرهای رفت و برگشت حج ۴۰ دقیقه بود که رکورد جدیدی در میزان کمترین تأخیر در انجام پروازهای حج در سالهای گذشته بود.»
نگرانی مسئولان حج و زیارت پیش از آغاز حج ۱۴۰۳، درباره «سرانه اسکان» زائران در شهر مدینه و در منطقه منا بود. سفر حج بیش از ۳۰ روز طول میکشد و زائران ۵ روز آن را در مدینه میمانند. مدت کوتاه ماندگاری در مدینه با وجود اعتراضهای زائران، به خاطر کمبود هتل در این شهر است، که تعداد آنها به دلیل اجرای طرح توسعه و تخریب تعداد زیادی از هتلهای قدیمی مدینه کمتر شده است. سازمان حج و زیارت در شهر مکه ۶۳ هتل و در شهر مدینه ۱۹ هتل اجاره کرده بود.
در منا، که زائران حدود سه روز در چادر اقامت داشتند، سرانه اسکان هر زائر به گفته رئیس سازمان حج و زیارت، حدود ۸۰ سانتیمتر بود.
حج اما زمانی وارد چالش شد، که ۶ نفر از اعضاء گروه رسانهای حج و زیارت صدا و سیما پیش از آغاز مناسک حج، از مدینه به ایران بازگردانده شدند. این اتفاق واکنشهای زیادی داشت. پیمان جبلی، رئیس صدا و سیما درباره آن گفت: «همکاران ما در حال ضبط یک تلاوت قرآن کریم در مسجدالنبی برای پخش در قالب یک برنامه بودند که بازداشت و در ادامه به بازداشتگاه منتقل شدند.» حجتالاسلام و المسلمین عبدالفتاح نواب، نماینده ولی فقیه در امور حج و زیارت هم تایید کرد که این اقدام برای اولین بار اتفاق افتاده است.
پس از آن خبرهای دیگری از بازداشت یکی از قاریان قرآن و زائران ایرانی شنیده شد. سازمان حج و زیارت و سفارت ایرا