مجاهدین خلق که زمانی با هدف مبارزه با حکومت پهلوی تشکیل شد و بسیاری از اعضای آن تجربه زندانی شدن توسط ساواک را دارند، پس از پیروزی انقلاب اسلامی رفتهرفته به یکی از اصلیترین مخالفین جمهوری اسلامی تبدیل گشت. مسعود رجوی، رهبر سازمان مجاهدین خلق با این ادعا که قانون اساسی به اندازه کافی انقلابی و اسلامی نیست، در رفراندوم سال ۵۸ قانون اساسی شرکت نکرد و به همین دلیل مجبور به کنارهگیری از نخستین دوره انتخابات ریاست جمهوری شد و از آن به بعد این سازمان علنا به فعالیت علیه جمهوری اسلامی پرداخت.
در تیرماه سال ۶۰ رجوی با همراهی ابوالحسن بنیصدر، رئیس جمهور معزول ایران، به منظور سرنگونی نظام جمهوری اسلامی اقدام به تشکیل ائتلافی موسوم به "شورای ملی مقاومت ایران" کرد و دست به ترور مقاماتی نظیر شهیدان رجایی، باهنر و بهشتی زد. در مردادماه همان سال نیز رجوی و بنیصدر به فرانسه گریختند و در آن جا با تعدادی دیگر از نیروهای اپوزسیون جمهوری اسلامی در قالب شورای ملی مقاومت ایران متحد شدند تا به خیال خود پس از سرنگونسازی نظام، حکومتی جدید در ایران تشکیل دهند.
در سال ۶۴ اما هنگامی که فرانسه برای آزادسازی هشت نفر از اتباع خود در لبنان، دست به دامن ایران شد، جمهوری اسلامی برای پاسخ مثبت دادن به این تقاضا چند شرط برای فرانسه گذاشت که از جمله مهمترین آنها اخراج عوامل ضدانقلابی از خاک این کشور بود و نهایتا در خردادماه سال ۶۵، مسعود رجوی به همراه تعدادی دیگر از اعضای مجاهدین خلق، از فرانسه اخراج و راهی بغداد شدند.
عراق که آن زمان تحت رهبری صدام در حال جنگ با ایران بود و از هر اقدام ضدانقلابی پشتیبانی میکرد، استقبالی رسمی در سطح سران از مسعود رجوی به عمل آورد و با احداث اردوگاهی موسوم به اشرف در مساحت ۳۶ کیلومتر مربع در ۸۰ کیلومتری مرز ایران، میزبان جدید مجاهدین خلق شد. از آن پس منافقین با تشکیل "ارتش آزادیبخش ملی" همگام با ارتش عراق اقدام به جنگ با نیروهای نظامی ایران کرده و بیش از ۱۰۰ عملیات نظامی علیه ایران انجام داد که از جمله مهترین آنها میتوان به عملیات فروغ جاویدان اشاره کرد.
در سال ۸۲ با حمله آمریکا به عراق و سقوط حکومت صدام، ماه عسل منافقین در این کشور به اتمام رسید. هرچند که تا حدود ۱۰ سال بعد نیز منافقین توانستند زیر چتر حمایتی آمریکا، به حیات خود در اشرف ادامه دهند، اما فعالیتهای ضدایرانیشان نسبت به زمان حضور صدام بسیار محدود شده بود و حتی قریب به ۸۰۰ نفر از اعضای مجاهدین از این سازمان جدا شدند و از اشرف گریختند. مسعود رجوی، رهبر این سازمان تروریستی نیز از همان موقع ناپدید شد و اخبار ضد و نقیضی در مورد زنده بودن او منتشر میشود؛ در حالیکه بسیاری معتقد اند رجوی در جریان بمبارانهای آمریکا علیه صدام کشته شده است، رسانههای غربی عمدتا خبر از زنده بودن وی میدهند.
در سال ۲۰۰۸ که آمریکا کنترل اردوگاه اشرف را به دولت عراق سپرد، این دولت اعلام کرد که قصد دارد در طی چند مرحله، تمام اعضای مجاهدین خلق را از عراق اخراج کند. نهایتا از سال ۲۰۱۱ روند انتقال منافقین به کمپ لیبرتی (پایگاه نیروهای آمریکای در نزدیکی بغداد) آغاز شد و نزدیک به سه هزار نفر از آنان طی هفت مرحله به این کمپ منتقل شدند. حدودا ۱۰۰ نفر از اعضای منافقین با ادعای حفاظت از اموال باقیمانده، در اشرف ماندند که نهایتا این تعداد نیز با حمله سال ۲۰۱۳ گروهی موسوم به فرزندان شیعیان شعبانیه که حدود ۲۰ سال قبل خانواده خود را در جریان قتل عام صورتگرفته توسط منافقین از دست داده بودند، به اشرف حمله و این محل را کاملا از وجود منافقین پاکسازی کردند.
بالاخره در سال ۲۰۱۳ و در نتیجه فشارهای دولت عراق برای اخراج منافقین، آلبانی پیشنهاد آمریکا برای پذیرش منافقین ر