همزمان با حکومت اتابکان بر شهر یزد شاهد حمله مغولها به ایران هستیم ولی اتابکان در توافق با مغولها و از طریق پرداخت باج و خراج، یزد را از حمله مغولها در امان میدارند و همین امنیت باعث میشود که بسیاری از علما و عرفا به یزد مهاجرت کنند.
یزد در آن دوران از لحاظ امنیت بسیار مطلوب بوده و همین زمینه شکلگیری سنت مدرسهسازی را فراهم میکند به طوری که مدارس زیادی در یزد ساخته میشود و یزد به واسطه همین کثرت مدارس، لقب دارالعلم میگیرد.
در برخی از این مدارس علاوه بر علوم دینی، حوزههای مانند طب، نجوم و ریاضی را نیز تدریس میکردند و مدرسه رکنیه یکی از این مدارس است که در منابع تاریخی ذکر شده که بنای آن از سایر مدارس شهر بزرگتر بوده است.
مدرسه رکنیه که امروز بقایای آن به عنوان بقعه سید رکنالدین شناخته میشود، از یادگارهای قرن هشتم هجری است و تقریباً در سال ۷۲۵ هجری توسط سید رکنالدین محمد قاضی ساخته شده است؛ مدرسهای باشکوه با رصدخانهای معروف.
هرچند در گذر زمان، بسیاری از این مدارس از رونق افتاده یا تخریب شدند و وقفیاتشان از بین رفت ولی خوشبختانه بخشی از فضای بنای مدرسه رکنیه که به دفن بانی آن یعنی سید رکنالدین محمد قاضی اختصاص یافته، حفظ شده و در حال حاضر از مدرسه اصلی تنها گنبدخانه و ایوانش باقی مانده است.
سید رکنالدین محمد قاضی، شخصیتی بزرگ بوده است؛ پسرش داماد رشیدالدین فضلالله همدانی وزیر اولجایتو بوده و خاندانشان جایگاه والایی داشتند. سیدرکن الدین کارهای خیری فراوانی انجام داده و کتاب جامعالخیِرات که شامل موقوفات او در یزد، اصفهان و تبریز است نیز از همین خیرات حکایت دارد لذا از گذشته تاکنون این بقعه مورد توجه مردم بوده و به زیارتگاهی تبدیل شده است.
البته این بقعه که تزئینات بسیار زیبایی دارد نیز با گذشت زمان دچار آسیبهایی ناشی از رخدادهای طبیعی شده بود لذا مرمت آن از قریب ۱۵ سال قبل شروع شده ولی به دلایلی تا امروز ادامه یافته و هنوز این بقعه در بند و اسارت داربستهای فلزی قرار دارد.
مجید علومی مدیر پایگاه میراث جهانی شهر تاریخی یزد در این رابطه در گفتوگو با ایسنا تصریح میکند: یزد از معدود شهرهایی است که تعداد زیادی از مدارس تاریخی قرن هشتم خود را هنوز حفظ کرده و این موضوع، امری بینظیر و نیازمند توجه و مرمت جدی است.
وی با تاکید بر این که اقدامات مرمتی بدون انجام تحقیق و مطالعه با خطر تخریب مواجه است، میگوید: فعالیت مرمتی این بنا تقریباً